BARISTA (GUI)

BARISTAは、独自の多配座解析機能に加えて、分子構造解析・分子軌道解析・基準振動解析・動力学的解析機能を有する解析支援のためのプラットホームです。
CONFLEX™のような分子計算プログラムにより計算された結果をもとに、分子構造・分子軌道図等のグラフィックスを作成・表示することができ、その結果を容易に解析できます。

  • Gaussianインターフェイス:Gaussianプログラムをお持ちのお客様は、BARISTAのインターフェイスを用いてBARISTA上からGaussian計算プログラムを実行できます。
  • 描画モデル変更:指定した原子ごと・分子ごとで描画モデルの変更ができるようになりました。例えば、アミノ酸の炭素原子1つを選択し、Space Fillをクリックすると、その原子の表示がSpace Fillに固定されます。
  • ステレオビュー:交差法(寄り目で重ねる方法)により、モデルをステレオ表示できます。
  • モデル選択操作:選択されている原子またはアトムタイプと同じ原子モデルが全て選択できます。さらに、タンパク質またはDNA/RNAの主鎖部分を選択できます。
  • タンパク質ヘテロ原子表示:タンパク質ファイルを読み込んだ際に、データに一緒に含まれるリガンドや水を発見した場合、リボン表示の際にはそれらは各々の原子モデル(Draw Type)で表示することができます。
  • 原子形式電荷変更:Formal Chargeのボックス内の値を変更して、原子の形式電荷を変更することができます。
  • 新表示モード追加:モデルの描画の精度(ポリゴンの細かさ)、平面クリッピング、新遠近法(Aerial perspective)が追加されました。
  • 分子構造解析機能
    • 三方向三次元表示
    • マルチウィンドウ表示
    • Minimal Mouse Operation に基づく操作
  • 分子軌道解析
    • 等電子密度面の近似表示による分子軌道の三次元表示
  • 基準振動解析
    • 各モードにおける基準振動の様子をアニメーション化
    • 振動数のスペクトル表示
  • 動力学的解析
    • 動力学的シミュレーション結果のアニメーション化
    • エネルギー変化のグラフ化
  • 多配座解析
    • 配座のクラスタリング機能
    • 多配座間構造変化経路予測

主な特色及び利点

  • CONFLEX5での計算経過を簡単に出力できる
  • 解析したCONFLEX5のファイルを直接読み込める
  • 適合した構造をいち早く見て選択することができる
  • 分子構造をさまざまな角度から見ることができる
  • フルカラー・高解像度表示
BARISTA インターフェース

The information pane (upper right) displays: File header information Method of computation, date, etc. Atomic Coordinates Cartesian and internal coordinates Atom distances, bond angles, dihedral angles Energy graph Vibrational spectrum
BARISTAは分子構造を同時にさまざまな方向から選んで見ることができます。

BARISTA display in transparent mode.
BARISTAは分子モデルを透過表示することができます。

Separate, synchronized camera views are displayed in high-resolution, full color.
鎖の角度、ねじれ、長さなどの詳細は、その分子をクリックすることで簡単に 表示されます。

 

動作環境
OS:  Windows XP
プロセッサー:1.0GHz以上
ディスク:40GB
メモリ:256MB以上
BARISTA FILE FORMATS
mol MDL-Molファイル
sdf MDL SDファイル
pdb Protein data bankファイル
dat MOPAC座標ファイル
out MOPAC出力ファイル
   
アニメーション
基準振動解析
参考資料
BARISTA カタログ (PDF)
文献
コンピュータプログラム
 
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