製品&サービス Parallel CONFLEX (並列版)

CONFLEXは鎖状部分の結合の回転、環を構成する原子のFlap・Flipにより、初期構造を変形させます。この微少変形により発生する複数の出発構造を順番に計算していたのですが、 Parallel CONFLEXでは複数のCPU/coreに分散させて構造最適化を行います。そして、その結果より得られた最適化構造を集計し、配座チェックを行います。

・並列化の意義
ポストゲノム研究、新機能材料開発などで扱う系は非常にサイズが大きい場合が多くCPU/core 単体で手軽に配座探索計算を行うことはできません 特に最近のポストゲノム研究で注目されるタンパク質やDNA、RNAなどの生体高分子は、さまざまな三次元構造を有する多配座分子です。 これらの立体構造を分子計算で解析する皆様のために、Parallel CONFLEXは研究時間短縮に効果を発揮します。

・ シクロヘプタデカンの配座探索
この分子では、最安定構造のエネルギーから1kcal/mol以内の探索で、181個のユニークな配座が発生しました。その実行時間はグラフのようになり、CPU/coreの個数を増やすと、実行時間は短縮されます。 これらから発生する配座はすべて等しいことを確認しました。


CONFLEXは豊橋技術科学大学の後藤仁志准教授により開発が開始された配座創出プログラムです。
参考文献:J. Am. Chem. Soc., 1989, 111, 8950-8951.
J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2, 1993, 187-198

動作環境
OS:  Windows (64 bit) 7, 8.1,10
CentOS 6.5-6.8
(その他:応相談)
Mac OS X 10.9-10.11
プロセッサー:1.0GHz以上
ディスク:40GB
メモリ:256MB以上
参考資料
CONFLEX カタログ (PDF)
CONFLEX&Gaussian連携(PDF)
CONFLEX チュートリアル(PDF)
文献
コンピュータプログラム
 

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