ホスト-リガンド配位探索キーワード
| キーワード | オプション | 説明 |
|---|---|---|
| HLSEARCH | ホスト-リガンド配位探索を実行する | |
| HLSEARCH_HOST_POLYHEDRON= |
TETRA CUBE OCTA ICOSA |
リガンド分子を配置するための、ホスト分子群を囲む正多面体を指定する。 TETRA:正四面体 CUBE:立方体 OCTA:正八面体 ICOSA:正二十面体 デフォルトはICOSA。 |
| HLSEARCH_HOST_NDIV= | n |
リガンド分子を配置する正多面体の辺を分割する回数を指定する。 デフォルトは1。 |
| HLSEARCH_LIGAND_MOL= | l |
リガンド分子の番号を指定する。 デフォルトは2。 |
| HLSEARCH_LIGAND_ROT= | (n1,n2,n3) |
リガンド分子をx, y, z軸周りにそれぞれ360/n1, 360/n2, 360/n3度刻みで回転させて初期構造を設定する。 デフォルトは(6,6,6)。 |
| HLSEARCH_BUFFER= | ff.ff |
初期構造を形成する際の、ホスト分子(群)を囲む球とリガンド分子を囲む球との間の距離を設定する。 デフォルトは、1.0(単位はÅ)。 |
| HLSEARCH_NOT_COMPARE | 得られた複合体構造に対して、エネルギーの比較は行わず全て保存する。 |
分子オブジェクト分類法オプション
| キーワード | オプション | 説明 |
|---|---|---|
| MOL_GROUP= | (i,n) | 複数の分子で構成された系について、一分子あるいは少数の分子を含む分子オブジェクトグループを定義する。例えばiniファイルに“MOL_GROUP=(3,1)”と記述した場合、3番目の原子(i=3)が属する分子を構成する原子全てが自動的に分子オブジェクト1(n=1)に分類される。このキーワードを繰り返し使用することにより、複数の分子を1つの分子オブジェクトにまとめることができる。 |
| GOPT= |
CONGRD NEWTON |
“MOL_GROUP=”で指定した分子オブジェクトグループに対する構造最適化手法を選択する。 “GOPT”のみで特に指定が無い場合は“GOPT=(CONGRD,NEWTON)”を指定した時と同じ計算を行う。 |
| GOPT_HYDROGENS | 最適化の対象となる分子オブジェクトグループを最適化する前に、全ての水素原子について構造最適化を行う。 | |
| GOPT_SCF_CYCLE= | n |
分子オブジェクトグループ最適化のSCFサイクルの最大値を指定する。 デフォルトは1。 |
| GOPT_ECNVRG= | f.f |
分子オブジェクトグループ最適化のSCFサイクルのエネルギー閾値(kcal/mol)を指定する。 デフォルトは1.0D-4。 |
調和振動解析設定キーワード
| キーワード | オプション | 説明 |
|---|---|---|
|
THERMO= 例:THERMO=XYZ |
XYZ INTER HEVYLP |
十分に最適化された構造に対して振動解析(質量重み付き二次微分行列を用いた基準振動解析)を行う。熱力学関数、振動数および対応する質量重み付き振動モードも出力する。“XYZ”または“INTER”の指定により、出力形式をデカルト座標系か内部座標系にする。“HEVYLP”を指定すると、ローンペア電子の質量を属している重原子に加えて二次微分行列の要素を求める。 デフォルト:XYZ |
| NOTHERMO | 熱力学関数の計算や振動モード・固有ベクトルなどの出力を行わない。 | |
|
EIGVEC= 例:EIGVEC=XYZ |
XYZ INTER HEVYLP |
質量重み付けした二次微分行列を用いない基準振動解析を行い、固有値と固有モードを出力する。“XYZ”または“INTER”の指定により、出力形式をデカルト座標系か内部座標系にする。“HEVYLP”を指定すると、ローンペア電子の質量を属している重原子に加えて二次微分行列の要素を求める。 デフォルト:XYZ |
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TEMP= 例:TEMP=30.0 |
ff.ff |
温度をff.ff °Cに指定する。 デフォルト:25.0 |
| ALLMODE | 計算した振動モードを全て出力する。 | |
| LOWMODE= | ff.ff | 振動数または固有値がff.ff以下の振動モードまたは固有ベクトルを出力する。 |
| NOMODE | 熱力学関数の計算は行うが、振動モードや固有値は出力しない。 | |
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PROJECT_OUT= 例:PROJECT_OUT=6 |
n | 振動数が0.0に近い振動モードを取り除く。 |
PDBファイル読み込みキーワード
| キーワード | オプション | 説明 |
|---|---|---|
| PDB_MUTATE= | (resname,chain,num) |
PDBファイル中のchain IDがchainでnum番にある残基を、resnameで記されたアミノ酸残基に置き換える。側鎖が伸びた場合、以下の関数を最小化することで自動的に折り畳む。 
ここでriは置き換えた残基内の原子と他の原子との距離、Rとkはそれぞれ距離の閾値と力の定数である。 resnameで使用できるアミノ酸残基名は、一文字表記(A, N, C, E, H, など)、三文字表記(ALA, ASN, CYS, GLU, HIS, など)およびフルネーム(alanine, asparagine, cysteine, gulutamic_acid, histidine,など)の3通りである。 |
| PDB_NOMUTATE | アミノ酸残基中の不足している原子を加えずそのままにする。 | |
| PDB_THRESH= | R | 距離の閾値(Å) |
| PDB_KCONST= | k | 力の定数(kcal・mol-1・Å-2) |
| PDB_HETATM | “HETATM”レコードにある全ての原子を含めて計算する(デフォルト)。 | |
| PDB_NOHETATM | “HETATM”レコードにある全ての原子を除いて計算する。 | |
| PDB_WATER | “HETATM”レコードの“HOH”原子を全て含める(デフォルト)。 | |
| PDB_NOWATER | “HETATM”レコードの“HOH”原子を全て除く。 | |
| PDB_MODEL_NO= | n |
複数のモデル構造が含まれている場合に、使用する構造のシリアル番号を指定する。 デフォルトでは“PDB_MODEL_NO=1”、すなわち最初の構造を用いる。“MODEL”レコードが無い場合は、全ての原子を計算に使用する。 |
| PDB_SSBOND | “SSBOND”レコードで特定されているS-S結合を全て結合させる。 | |
| PDB_NOSSBOND | 全ての“SSBOND”レコードを考慮しない。 | |
| PDB_SSB_DIST= | ff.f | S-S結合を結合させるどうかの距離の閾値を設定する。 |
| PDB_CONECT= | (I,J,K) |
I-J間結合を結合タイプKに設定する。 K=1: 単結合 K=2: 二重結合 K=3: 三重結合 K=4: イオン結合(I+,J-) |
| PDB_DISCONECT= | (I,J) | I-J間を強制的に結合させないようにする。 |
| PDB_CHARGE= | (I,K) | I番目の原子に形式電荷Kを置く。例えば、1354番目のCaイオンに+2の形式電荷を指定する場合、キーワードは “PDB_CHARGE=(1354,+2)”となる。 |