配座クラスター解析キーワード
| キーワード | オプション | 説明 |
|---|---|---|
| CLUSTER | 単連結アルゴリズムを用いた配座クラスタリングを実行する。使用する際は、キーワード“CONFLEX”を同時に指定すること。 | |
| CCLUS_DISTANCE= | 配座間距離に用いる指標を指定する。 | |
| TORSION | 二面角のRMSD | |
| ATOM | 重ね合わせ(superimpose)を行った後の座標 | |
| CCLUS_REFALL= |
配座間距離を定義する原子やねじれ角のタイプを指定する。 （“CCLUS_DISTANCE=TORSION”指定時） |
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| TORSION | 全ての二面角 | |
| COMPAR | 配座の比較に用いた二面角 | |
| PHIPSI | ペプチドのφ/ψ角(ペプチドのみ) | |
|
配座間距離を定義する原子やねじれ角のタイプを指定する。 （“CCLUS_DISTANCE=ATOM”指定時） |
||
| ALPHA | ペプチドのα炭素原子全て(ペプチドのみ) | |
| HEAVY | 重原子全て | |
| NOHYD | 水素原子を除いた全原子 | |
| CCLUS_IREF= |
I (I,J) |
配座間距離を求める際の参照原子、あるいは参照するねじれ角の中央の結合の番号を指定する。 |
| CCLUS_XREF= |
I (I,J) |
配座間距離を求める際に取り除く参照原子、あるいは参照するねじれ角の中央の結合の番号を指定する。 |
| CCLUS_LIMIT= |
f.ff AUTO |
クラスタリングする際の配座間距離の閾値を指定する。 |
| CCLUS_LIMIT_MAX= | f.ff | クラスタリングする際の閾値の最大値 |
| CCLUS_EGFUNC= | クラスタリングした配座をエネルギー順に並べる。 | |
| STERIC | 立体エネルギーの順 | |
| FREE | Gibbs自由エネルギーの順 | |
| CCLUS_MAXCONF= | n | クラスタリングを行う配座数の最大値を指定する。 |
UV/Vis/CD スペクトルおよびPPP/SCF-MO関連キーワード
| キーワード | オプション | 説明 |
|---|---|---|
| UVCD | UV/Vis/CDスペクトル計算を行う。 | |
| CDUV | “UVCD”と同じ。 | |
| PIA_OPT= | PPP/SCF-MOでは、全てのπ電子が自動的に含まれる。しかし、ペプチド結合などSCF計算の不安定性を引き起こすπ原子があるので、これらを取り除く。 | |
| NOPEP | ペプチド結合(CONH)を除く。 | |
| NOATE | カルボキシル基(COO)を除く。 | |
| PIA_DEL= | I | I番目のπ原子を除く。 |
| SCF= | SCF計算手法を選択する。 | |
| PPP | 一般的なPPP/SCF-MO計算 | |
| VESCF | Variable electronegativity計算(Allingerの手法) | |
|
PPP= 例:PPP=(VB,VG) |
PPP計算の拡張 | |
| VB | Variable beta法 | |
| VG | Variable gamma法 | |
| NEWG | New gamma法 | |
| SCF_ITER= | N | SCF繰り返し回数の最大値を設定する。 |
| SCF_CONV= | f.ff | SCF収束の閾値を設定する。 |
| PPPATOM= | (I,J,Z,IP,G,H) |
原子タイプJの原子と結合している原子タイプ(I I,JはMM2分子力場の原子タイプ)の原子に適用される、一中心項の計算に用いるパラメーター: Z: 系に供給しているπ電子の数 IP: イオン化ポテンシャル G: 一中心反発積分(γrr) H: Hückel MO法におけるCoulomb積分 |
| PPPBOND= | (I,J,B,K,A_0,A_1) |
原子タイプI-Jの結合に対するパラメーター: B: コア共鳴積分(β) K: Hückel MO法における共鳴積分 A_0, A_1: variable β法で使われるA0,A1パラメーター |
| PPPGAMM= | (I,J,D_0,D_1) |
原子タイプI-Jの結合に対するパラメーター: D_0, D_1: variable γ法で使われるD0,D1パラメーター |
|
CIS= 例:CIS=(10,10) |
(Nomo,Numo) | 一電子励起CI計算に用いる占有軌道(Nomo)および非占有軌道の数(Numo)を指定する。 |
| CURVE_PLOT= | (f1,f2,f3) |
ガウス近似で求めたスペクトルの出力範囲と刻み幅を指定する。 f1: 始点の波数(cm-1) f2: 終点の波数(cm-1) f3: 刻み幅の波数(cm-1)
|
| CURVE_DSIGMA= | f.ff |
ガウス分布の標準偏差を指定する。 デフォルト:2000.0 cm-1 |
NMR解析関連キーワード
| キーワード | オプション | 説明 |
|---|---|---|
| NMR |
NMR 3Jカップリング定数を計算する。 以下に示す「NMR_3J_ATYPE=」または「NMR_3J_NUNBER=」を指定した場合は、それぞれの計算式によりカップリング定数を計算する。これらのキーワードを指定しない場合は、Karplus-Imai式によるCsp3-Csp3結合周りの3JHHカップリング定数計算を行う。Karplus-Imai式の計算を行う際は、3JHHの全ての組み合わせは自動的に検出され計算される。 |
|
| NMR_3J_ATYPE= | (W,X,Y,Z)(A)(COS,P_ COS,m,B1,B2,...) (SIN,P_ SIN,n,C1,C2,...) |
原子タイプW-X-Y-Zで構成される二面角周りのNMR 3JWZカップリング定数を求める式の定数を設定する。計算式は、 
であり、原子タイプと定数・係数は、括弧で区切って設定する。 例:原子タイプ1-6-1-5 (C-O-C-H) 周りについて、以下の式を適用する場合、 
設定キーワードは以下のようになる。 NMR_3J_ATYPE=(1,6,1,5)(1.0)(COS,15.0,2,2.0,3.0)(SIN,30.0,2,4.0,5.0) 以下のようにcos関数のみの式を適用する場合、 
設定キーワードは NMR_3J_ATYPE=(1,6,1,5)(1.0)(COS,5.0,3,2.0,3.0,4.0) となる。 |
| NMR_3J_NUNBER= | (I,J,K,L)(A)(COS,P_COS,m,B1,B2,...)(SIN,P_SIN,n,C1,C2,...) |
原子番号I-J-K-L二面角周りのNMR 3JILカップリング定数を求める式の定数を設定する。計算式は、上記の原子タイプで指定した場合と同様で、原子タイプと定数・係数は、括弧で区切って設定する。 例:原子番号1-2-3-4について、以下の式を適用する場合、 
設定キーワードは以下のようになる。 NMR_3J_NUMBER=(1,2,3,4)(1.0)(COS,15.0,2,2.0,3.0)(SIN,30.0,2,4.0,5.0) 以下のcos関数のみの式を適用する場合、 
設定キーワードは NMR_3J_NUMBER=(1,2,3,4)(1.0)(COS,5.0,3,2.0,3.0,4.0) となる。 尚、指定したねじれの組み合わせが「NMR_3J_ATYPE=」で指定した原子タイプと重複した場合、このキーワードによる設定が優先される。 |
一般化ボルン(GB/SA)による溶媒効果解析関連キーワード
| キーワード | オプション | 説明 |
|---|---|---|
| GBSA | GB/SA計算を行う。 | |
|
GBSA_ANALYZER= 例:GBSA_ANALYZER=FREE |
SINGLE OPTIMZ FREE |
GB/SA計算に基づいた溶媒和エネルギー解析を行う。全てのオプションで、気相中の構造最適化を行った後GB/SA計算を行う。オプションにより、GB/SAで行う計算が一点計算(SINGLE)なのか構造最適化計算(OPTIMZあるいはFREE)なのかが決まる。溶媒和エネルギーは、気相中と溶媒中での全エネルギーの差(SINGLEおよびOPTIMZ)かあるいは気相中と溶媒中での自由エネルギーの差(FREE)で定義する。 |
| GBSA_SOLVENT= |
WATER OCTANOL |
溶媒を指定する。 デフォルト:WATER(水) |
| MOL_DIELEC= | f.ff |
分子の誘電率を指定する。 デフォルト:1.0 |
| SA= | NUM | 溶媒和接触可能表面積を数値的に求める。 |
| IGNORE | 非静電項を計算しない。 | |
| NLR= |
ON OFF |
Neighbor-List Reductionを実行する。 デフォルト:ON |
| INIT_GEOM= | SAME | 溶媒効果を取り入れた計算を行う際の初期構造を、入力と同じ構造にする。 |