強制構造変形キーワード(Constraint Driving Keywords)
| キーワード | オプション | 説明 |
|---|---|---|
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CONSTR_BOND= CONSTR_DIST= |
(I,J,STA,TER,STP,FK) |
I-J間(結合している必要は無い)距離に制限を加えて段階的に変化させた、制限付き最適化を実行する。 STA:初期値(単位はÅ) TER:終値(単位はÅ) STP:刻み幅(単位はÅ) FK:力の定数(デフォルト値は10,000 (kcal・mol-1・Å-2) |
| CONSTR_ANGL= | (I,J,K,STA,TER,STP,FK) |
I-J-K角(結合している必要は無い)に制限を加えて段階的に変化させた、制限付き最適化を実行する。 STA:初期値(単位はdeg) TER:終値(単位はdeg) STP:刻み幅(単位はdeg) FK:力の定数(デフォルト値は 10,000 (kcal・mol-1・rad-2) |
| CONSTR_TORS= | (I,J,K,L,STA,TER,STP,FK) |
I-J-K-L二面角(結合している必要は無い)に制限を加えて段階的に変化させた、制限付き最適化を実行する。 STA:初期値(単位はdeg) TER:終値(単位はdeg) STP:刻み幅(単位はdeg) FK:力の定数(デフォルト値は1,000 (kcal・mol-1・rad-2) |
| CONSTR_OOPL= | (I,J,K,L,STA,TER,STP,FK) |
I-J-K平面とL番目の原子により定義される面外角(結合している必要は無い)に制限を加えて段階的に変化させた、制限付き最適化を実行する。 STA:初期値(単位はdeg) TER:終値(単位はdeg) STP:刻み幅(単位はdeg) FK:力の定数(デフォルト値は1,000 (kcal・mol-1・rad-2) |
| CONSTR_PHI5= | (I,J,K,L,M,STA,TER,STP,FK) |
5員環の位相角に制限を加えて段階的に変化させた、制限付き最適化を実行する。 STA:初期値(単位はdeg) TER:終値(単位はdeg) STP:刻み幅(単位はdeg) FK:力の定数(デフォルト値は1,000 (kcal・mol-1・rad-2) |
Stochastic Kickキーワード
| キーワード | オプション | 説明 |
|---|---|---|
| KICK |
構造最適化を行う前にStochastic Kick法により構造に摂動を与える。 乱数のシード値はデフォルトで“123456789”。 |
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| KICK= | n | 乱数のシード値nを指定する。 |
| KICK_RESET | 各乱数発生時のシード値を変更する。シード値の初期値はデフォルトの値である。 | |
| KICK_RESET= | n | 各乱数発生時のシード値を変更する。シード値の初期値nを指定する。 |
| KICK_FACTOR= | f |
Stochastic Kick法で使用するベクトルの大きさはデフォルトで0.01 Åである。 係数“f”を指定することにより、ベクトルの最大値が0.01*f Åに設定される。 |
動的反応座標(Dynamic Reaction Coordinate, DRC)計算キーワード
| キーワード | オプション | 説明 |
|---|---|---|
| DRC | DRC計算を実行する。 | |
| DRC_SMODE= | n |
DRC計算に用いる振動モードの番号を一つ指定する。 デフォルト：1 |
| DRC_MMODE= | n1,n2 | n1からn2までの複数の振動モードを混合してDRC計算を行う。 |
| DRC_NSTEP= | ff.ff |
DRC計算の時間刻み幅(単位はps)を指定する。 デフォルト：0.0002 |
| DRC_TERMN= | ff.ff |
DRC計算の終了時間(単位はps)を指定する。 デフォルト：4/(νi*c)(νiは選択した振動モードのうち振動数が最も低いモードの振動数、cは光速) |
| DRC_TEMP= | ff.ff |
DRC計算中の温度(°C)を設定する。 デフォルト：25.0 |
| DRC_SCALE= | ff.ff |
振幅のスケーリングファクター値を設定する。 設定しない場合は、選択した振動モードの振動数の和と運動エネルギーの和から算出する。 |
| DRC_KICK= | ff.ff | 振幅のスケーリングファクターを求める際、振動数の和を使う代わりにこのキーワードで設定した値を用いる(単位はkcal/mol)。 |
| DRC_PHASE= | (ff.ff,...) |
各振動モードに対して位相角(単位は°)の設定を行う。 デフォルト：-90 |
| SNAPSHOT= | n |
座標データを何ステップ毎に出力するかを指定する。 デフォルト：100 |
外部プログラム(Gaussian 09, 16)呼出機能の設定キーワード
| キーワード | オプション | 説明 |
|---|---|---|
| EXTERNAL_PROGRAM= | GAUSSIAN | 計算に用いる外部プログラムを設定する。 |
| EXT_GAU_ROUTE= | (“...”) | Gaussianのルートセクションを指定する。 |
| EXT_GAU_LINK0= | (“...”) | GaussianのLink0コマンドを指定する。 |
| EXT_GAU_COMMENT= | (“...”) | Gaussianのコメントを指定する。 |
| EXT_GAU_CHARGE= | n | 系の電荷を指定する。 |
| EXT_GAU_SPIN= | n | 系のスピン多重度を指定する。 |
| EXT_GAU_HEADER_FILE= | ファイル名 | Gaussianの入力ファイルのうち、座標データより上に記すデータ(ルートセクション、コメント、電荷とスピン多重度)を記載したファイル名を指定する。 |
| EXT_GAU_FOOTER_FILE= | ファイル名 | Gaussianの入力ファイルのうち、座標データより下に記すデータ(基底関数やECP、溶媒効果等)を記載したファイル名を指定する。 |
| EXT_PREOPT= |
ON OFF |
外部プログラムを呼び出す前に、分子力場で構造最適化を行うかどうかを指定する。 デフォルト：ON |
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EXT_GAU_SCRDIR= ※Windowsのみ |
ディレクトリーパス |
出力ファイルと中間ファイルを保存する場所を指定する。 デフォルト： %GAUSS_EXEDIR%¥Scratch |
| EXT_JOB_COM= | (“...”) |
シェルスクリプトやジョブスケジューラーで実行したい場合の、実行コマンドを設定する。ジョブスケジューラーのコマンドを設定する場合は、インタラクティブに実行するオプションを必ず加える。 設定例: Univa Grid Engine:“qsub -sync yes” Platform LSF:“bsub -K <” |
| EXT_JOB_FILE= | ファイル名 | シェルスクリプトやジョブスケジューラーで実行する際の設定を記したファイル名を指定する。 |
その他のキーワード
| キーワード | オプション | 説明 |
|---|---|---|
| FILE_TYPE= |
MOL MOL2 PDB CIF CMF AMBER |
分子構造の入力に使用するファイル形式を指定する。 デフォルト：MOL |
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TIME= 例:TIME=10.00D |
f.ff |
ジョブを実行する際の全CPU時間をf.ff秒(デフォルト)に制限する。 T=f.ffD、T=f.ffH、またはT=f.ffMとすることで、計算時間をそれぞれf.ff日、f.ff時間、f.ff分に指定することができる。 このTIMEキーワードを指定しない場合は、制限時間はデフォルトで3日(=259,200秒)に設定される。 |
| DEBUG | 全てのサブルーチンについてデバッグ用の情報を出力する。DEBUG=ALLと同じ。 | |
| DEBUG= |
CONCHK HYBRID DEFINE CLASSALL CLASS[0-8] CLASSPPP SYMM EVAL OPT SCFMO ALL |
各サブルーチン(CONCHK, HYBRID, DEFINE, CLASSALL, CLASS[0-8], CLASSPPP, SYMM, EVAL, OPT, ALL, NEWTON)について、デバッグ用の情報を出力する。 |
|
PRINT= NOPRINT= |
INPUT MODE LATEST PARAM SYMM NEGEIG SCFMO |
出力する情報の詳細を指定する。 |