Fileメニュー
メニューには、以下の項目があります。- New
- 空の分子ファイルを作成するために使用します。構造は、ChemDrawよりコピー&ペースト可能です。
- Open
- 開く分子ファイルを指定するために使用します。対応フォーマットは、 MDL Mol/SD ファイル、Sybyl Mol2ファイル、CIFファイル、 CONFLEXの出力ファイル(-F.mol, .bso, -PCS.cif)などです。
- Recent Molecules
- 最近開いた分子が登録されています。「Clear Menu」項目を選択すると、履歴が消去されます。
- Save
- 開いている分子を、上書き保存します。
- Save As...
- 開いている分子を、別名のMDL Mol形式または画像ファイルにPNGフォーマットで保存することが可能です。
- Close
- 開いている分子ウィンドウを閉じます。 macOS版では、以下のメニュー項目は「CONFLEX」アプリケーション・メニューに有ります。
- Quit
- プログラムを終了します。
- Register CONFLEX
- ライセンスの登録を行います。
Editメニュー
分子構造のペーストやアプリケーション設定を行います。- Paste
- CS ChemDrawでコピーした構造を空のウィンドウにペーストします。
- Preferences...
-
アプリケーションの設定を行う設定ダイアログを表示させます。
(macOS版では「CONFLEX」メニュー内に有ります)
Viewメニュー
分子の表示形式を設定します。- CPK
- 分子表示をCPK形式にします。
- Ball and Stick
- 分子表示を棒と球の形式にします。
- Wire Frame
- 分子表示を線だけの形式にします。
- Symbol
- 分子表示の各原子に、原子名のテキストを表示します。
- Label
- 分子表示の各原子に、原子の通し番号を表示します。
- Vibration
- 分子表示の各原子に、振動を表すベクトルを表示します。 これは、読み込んだデータに振動情報が含まれている場合にのみ、有効です。
- Surface
- 等電子密度面の表示/非表示を切り替えます。
- Controller
- 分子表示ウィンドウに、コントローラー・ツールバーを表示します。 振動ベクトルの長さやアニメーション、分子表面の透明度や大きさ等を調整できます。
- Reset
- 分子表示を初期状態に戻します。
Calculationメニュー
ここでは、計算の設定を行います。 購入時のオプションにより、表示項目が違う場合があります。 計算を行う際に、計算サーバーの設定が必要になる場合があります。 その際は、「Preferences」ダイアログを利用してください。- CONFLEX
- CONFLEXの計算設定用ダイアログが開きます。
- Docking
- CONFLEX Dockの計算設定用ダイアログが開きます。
- GAUSSIAN
- Gaussianの計算設定用ダイアログが開きます。
- Surface
- 読み込んだファイルがGaussian FChkファイルあるいはGAMESSログファイルの場合、 軌道図や電子密度図の作成を開始します。
Toolsメニュー
- Property Box
- Property Boxダイアログの表示・非表示を切り替えます。
- Job Manager
- 計算ジョブの管理を行うJob Managerダイアログの表示・非表示を切り替えます。
- Crystal Editor
- ミラー指数を指定して、結晶面を設定し表示します。
- Object Inspector
- Object Inspectorダイアログの表示・非表示を切り替えます。
- IR Plotter
- 基準振動解析データを含むファイルを開いた際に、 スペクトル線を表示するダイアログの表示・非表示を切り替えます。
- UV Vis Plotter
- 紫外・可視光吸収データを含むファイルを開いた際に、 スペクトル線を表示するダイアログの表示・非表示を切り替えます。
- UV CD Plotter
- CD(円二色性)データを含むファイルを開いた際に、 スペクトル線を表示するダイアログの表示・非表示を切り替えます。
- NMR Plotter
- NMR計算を行った際のCONFLEXファイルを開いた際に、 NMRスペクトルのカップリングパターンを観察するダイアログの表示・非表示を切り替えます。
- Summary List
- 計算後のファイルを開いた際に、計算内容の概要を表示します。例えば、CONFLEX配座探索後のSDFファイルを開いた場合、各コンフォマーの情報をリスト表示したりできます。
Windowメニュー
開いているウィンドウのリストが登録されます。リストされている各項目を選択すると、そのウィンドウがアクティブになります。
- Brind All to Front
- プログラムのすべてのウィンドウを前面に表示させます。 Interfaceのモードが「Docked Mode」の場合、以下のメニューも 使用できます:
- Shade
- ウィンドウを隠して、タイトルバーのみ表示させます。
- Maximize
- ウィンドウ・サイズを最大限に大きくします。
- Tile Windows
- 表示されている分子ウィンドウを、タイル上に並べて表示させます。
- Cascade Windows
- 表示されている分子ウィンドウを、少しずつずらしながら並べて表示させます。
Applicationsメニュー
CONFLEXの補助アプリケーションを呼び出します。アプリケーションの詳細は、別のマニュアルで説明します。
Helpメニュー
CONFLEXのマニュアルを開きます。- CONFLEX Manual
- このマニュアルをブラウザーで開きます。
- CONFLEX Tutorials
- チュートリアルをブラウザーで開きます。