※新機能の一覧は、開発元の公開に合わせて弊社も更新させていただきますが、現時点で公開されている情報は以下の通りです。

• Amber24
  • AMD GPUのサポート
  • 錬金術的な状態間の変換経路／ソフトコアポテンシャルおよび錬金術的強化サンプリング（ACES）法の改善
    • 最適化位相空間オーバーラップλスペーシング法など新しいツールを含む、λスケジューリングオプションの高度化
    • λ依存の「Boresch」法を用いた結合、角度、ねじれ拘束によるScaffold Hoppingと絶対結合自由エネルギー機能
    • 変動する参照分子骨格へのλ依存RMSDフィット拘束
    • 錬金術的自由エネルギー変換と最終状態の参照ポテンシャル（例：MM→QMまたはMM→ML）シミュレーションのための非平衡仕事フレームワーク（Jarzynski方程式とCrooks方程式）
    • 「cycle closure」や実験的制約を課した、タンパク質-リガンド結合熱力学グラフによる錬金術的自由エネルギーネットワークの解析を行う手法
  • Gaussian accelerated MDを用いたリガンドータンパク質間相互作用を研究する手法(LIG-GaMD)
  • 全原子PMEに対応したcontinuous constant pH動力学法がGPUに対応
  • 新規連続体溶媒/イオン実溶媒モデル
  • セルフガイドランジュバン動力学法を、運動量と力の両方のガイド因子を用いるように修正
  • レプリカ交換機能の更新
• AmberTools24
  • 力場パラメーターの新規追加および更新
    • GAFF2にABCG2電荷モデルを追加
  • Quick：Hartree-Fock および DFT 電子構造計算のためのプログラム。 GPUもサポート。Quick は QM/MM シミュレーション用にsander と統合されており、 AmberTools24 では大幅な性能向上、f基底関数のサポート、新しい構造最適化ルーチン、スピン非制限計算のサポートが含まれています。
  • cpptrajプログラムの新機能および修正：
    • NPTトラジェクトリーのアンラッピングと拡散イメージング機能を修正
    • NPTトラジェクトリーのアンラップ時に（平均ユニットセルに投影することで）ボックスの揺らぎを除去する機能を追加
    • 複数の時間起点からのMPI並列化した拡散係数計算と、toroidal-view-preservingスキームによる拡散係数計算を追加
    • 核酸構造解析において、軸の書き込み、ユーザー指定の塩基対の取り込み、すべての水素結合のレポート機能を追加
    • energyコマンドからOpenMMを使用して全エネルギーを計算する機能を追加
    • 選択した原子の質量や電荷を変更する機能を追加
    • トラジェクトリー中の構造について拡張類似性スコアを計算する機能を追加
    • 内部座標（Z-matrix）の利用・操作機能を追加
    • GISTにMPI並列と回転可能なグリッドを追加
    • 連続する残基をマージするために「change」コマンドに「mergeres」キーワードを追加
    • 「atommap」コマンドでマップされた原子名を参照名に変更する機能を追加
    • 「box」コマンドに「getbox」キーワードを追加し、ユニットセル、分率座標セル、対称形状行列データを抽出できるようにした
    • 電荷を計算して標準出力に表示するためのコマンドラインフラグ「--charge」を追加
  • 錬金術的自由エネルギー計算を解析するルーチンのfe-toolkitパッケージ。

• 力場パラメーターの新規追加および更新
  • OL21：DNAパラメーターのアップデート
  • GAFF2：バージョン2.20へのアップデート
  • PTM (Post-translational modification) パラメーターをいくつかアップデート
• Quick：Hartree-Fock および DFT 電子構造計算のためのプログラム。 GPUもサポート。Quick は QM/MM シミュレーション用にsander と統合されており、 AmberTools23 では大幅な性能向上、新しい構造最適化ルーチン、スピン非制限計算のサポートが含まれています。
• fe-toolkit錬金術的自由エネルギー計算を解析するパッケージ
• cpptrajプログラムの新機能および修正：
  • 「prepareforleap」スクリプトで糖鎖をサポートしました。
  • nastruct、ZDNA、parallel DNAを修正しました。
  • 任意のデータセットをNetCDFファイルに書き込む機能を追加しました。
  • データセットの要素にループをかけるためのfor indataを追加しました。
  • NetCDF4/HDF5トラジェクトリーのサポートおよびNetCDF4トラジェクトリーのオンザフライ可逆圧縮または非可逆圧縮のサポートが追加されました。
  • 「diffusion」と「unwrap」の動作を高速化し、OpenMP並列化を行いました。
  • 「2drms」と「cluster」にクォータニオンベースのRMSD計算を追加しました。
  • Hへの結合に拘束条件のある場合のエネルギーを再現するために、「energy」アクションに「nobondstoh」キーワードを追加しました。
  • 「Radial」アクションのCUDAバージョンを追加しました。
  • 回転行列から回転角度を抽出し、複数の軸の周りの回転を修正する機能を追加しました。
  • 指定した地点までのRDFを計算する機能を追加しました。
  • GISTを混合物や非水溶媒に拡張しました。

• Amber22
  • ソフトコアポテンシャルを用いたアルケミカル自由エネルギー計算の拡張
  • ラムダスケジューリングオプションの拡張
  • SHAKE法を「TI」で使用する機能
  • REST2的レプリカ交換サンプリングの強化
  • Gaussian accelerated MD (PPI-GaMD) を用いたタンパク質間相互作用
  • セルフガイドランジュバン動力学法を、運動量と力の両方のガイド因子を用いるように修正し、Canonicalアンサンブルへの接続も行うようにした
  • Kernel Modified MDによる、学習設定に基づいた力場のオンザフライ更新が可能に
  • pmemdとmdgxでより多くのタイプの「extra points」をサポート。
• AmberTools22
  • 力場パラメーターの新規追加および更新
    • Lipid21：脂質用パラメーターのメジャーアップデート
    • 分極性水モデルOPC3-pol
    • フッ素化アミノ酸の新しいパラメーター
  • Quick：Hartree-Fock および DFT 電子構造計算のためのプログラム。 GPUもサポート。Quick は QM/MM シミュレーション用にsander と統合されており、 AmberTools22 では大幅な性能向上、新しい構造最適化ルーチン、スピン非制限計算のサポートが含まれています。
  • 3D-RISM：周期境界をサポートし、開境界の性能とスケーリングが改善されました。
  • cpptraj：GISTの改良、新しいクラスター解析、糖鎖をサポートした 「prepareforleap」スクリプトなどの変更
  • PyRESPプログラムは、additiveとpolariableの両方の力場に対するRESPフィッティングをサポートします。
  • Amber pGM分極力場用の新しい定圧プロトコルが追加されました。

• 新規力場および更新
  • ReaxFF: 様々な化学的挙動をサポートする反応分子動力学用力場
  • OPC, OPC3水モデルに新しいイオンパラメーターを追加
  • 改良されたアミノ酸のパラメーターを追加
• Hartree-FockおよびDFT電子構造計算のためのQuickパッケージ、GPU対応 QuickはQM/MMシミュレーション用のsanderに統合されています。
• gcc10/gfortran10に対応しました。
• cpptrajプログラムの新機能：
  • GISTにParticle Mesh Ewaldオプションを追加し、非結合エネルギー計算を高速化
  • permutedihedralsとrandomizeionsコマンドのパフォーマンスを向上
  • CPPTRAJのconfigureで、必要に応じて外部ライブラリを自動的にダウンロードしてビルドすることができるようになりました。
  • デフォルトの乱数生成器を変更する機能を追加しました。新しいコマンド：random
  • nastructのアクションにsscalcキーワードを追加し、nastructにストランド内の連続した塩基間のパラメータを計算するようにしました。
  • flattenコマンドを追加しました。1つ以上の行列を、要素の和や平均によって1次元の配列に変換します。
  • 単位セルの取り扱いを大幅に変更しました。
  • gist, lie, pairdistアクションなどのバグを修正しました。
  • volmapの計算を2-3倍に高速化しました。参照：Improving the speed of volumetric density map generation via cubic spline interpolation.Journal of Molecular Graphics and Modelling, Volume 104, May 2021, 107832
  • densityアクションにrestrictキーワードを追加し、指定した軸の周りの特定の形状に計算を制限するようにしました。
  • nselectedoutキーワードをmaskアクションに追加し、選択された原子の総数をフレームごとに表示するようにしました。
  • 不連続な分子を扱えるようになりました。
  • CONECTレコードのPDBファイルへの出力をより適切に制御できるようになりました。
  • spamとvolmapアクションの修正と改善。3Dグリッドの扱いを改善しました。
  • あるCOORDSセットの全部または一部を別のCOORDSセットに移植するための新しいコマンドgraftを追加しました。
  • parmとtrajinコマンドでPDB内の代替原子位置をフィルタリングできるようになりました。
  • 新しいevalplateauコマンドを利用して、ある特性が「安定化」したかどうかを判断できます。A protocol for preparing explicitly solvated systems for stable molecular dynamics simulations., J. Chem. Phys. 153, 054123 (2020)に概説されている実溶媒シミュレーションの準備プロトコルの一部として使用されています。
  • makestructure, dssp, change, bondsの改良。
  • datasetコマンドにshiftキーワードを追加しました。このキーワードは特定の基準にマッチするデータにオフセットを適用するために使用できます。
  • datafilterコマンドがデータセットをその場で変更できるようになりました。
  • nastructアクションにnoframespacesキーワードを追加し、出力のフレーム間に空の行を印刷しないようにしました。

• Amber 20
  • ソフトコア・ポテンシャルを利用した自由エネルギー計算法の拡張
  • リザーバーおよびハイブリッドレプリカ交換法の追加
  • Gaussian Accelerated MDの "リガンド "と "ペプチド "バージョンを追加
  • MBXでのMB-polシミュレーションをサポートした外部力場ライブラリーへの新しいインターフェイス
  • NVLINKのサポート及び並列GPUシミュレーションの改良
• AmberTools 20
  • 新規力場および力場の更新
    • タンパク質のためのFF19SB力場
    • 蛍光染料とリンカーのAmber-Dyesパラメーター
    • 粗視化シミュレーションのためのSIRAHモデル
    • gem.pmemdプログラムを使用した、AmoebaとGEMの分極力場
  • 湾曲した膜を作成するためのPACKMOL-Memgenプログラムの拡張
  • APBS、plumed、MBXなどの外部ライブラリへの接続
  • cmake でのビルド; python3への変更
  • cpptrajも多くの機能拡張が行われています。https://github.com/Amber-MD/cpptraj/wiki