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Amber日本語チュートリアル
Amberのウェブサイトで公開されているチュートリアルの一部を翻訳し、お客様に提供しております。
以下に、その一部の例を示します。
- DNA:polyA-polyT Decamer
- 10-mer DNAを作成し、気相中・仮想溶媒中・実溶媒中でのシミュレーションを行い、結果を解析します。
- VMD:Visual Molecular Dynamics
- 分子動力学ファイルの可視化ソフト「VMD」の使い方を説明します。
- Folding:Trp-Cage Peptide
- 直鎖ペプチドのフォールディングの様子を観察します
- Antechamber:Sustivaシミュレーション General Amber FFの利用
- タンパク質などではない一般的な有機分子のシミュレーションを、GAFF力場を用いて行います
- 緑色蛍光タンパク質 GFPシミュレーション
- 標準構造以外のアミノ酸残基を含むタンパク質のシミュレーションを行うため、そのアミノ酸残基のパラメーター作成および割り当てを行います。