CONFLEX 10 新機能

CONFLEX Interface 10 新機能

  1. CONFLEX DOCKインターフェイスの追加
    2. 新製品「CONFLEX DOCK」へのジョブ投入・ジョブ管理を行う機能を追加しました。
  2. CONFLEX DOCKからの出力構造の読み込み
    3. CONFLEX DOCKから出力される、PDBおよびMol2形式のファイルの読み込みに対応しました。
  3. ファイル読み込みのマルチスレッド化の拡張
    4. 巨大なPDBファイルなどの読み込み中にマルチスレッド化を行い、読み込み中でもすでに読み込んだ構造を表示できるようにしました。
  4. 配向探索機能へのインターフェイス
    5. 新しい配向探索機能へのインターフェイスを実装しました。計算に必要な設定を行うことができます。
    修正点
  1. 不正文字のチェック
    2. ファイル名やパスの途中の不正文字をチェックしエラーを表示するようにしました。これにより、ジョブ投入時や監視を行う際に発生していた、不正文字による不具合を回避できます。
  2. アイコンの見直し
    3. プログラムで使用するアイコンの修正を行い、ダークモードなどでの視認性が向上しました。
  3. Amberファイルでの不具合修正
    4. Amberのファイルを開いた際にJob Managerにファイル名が表示されない不具合を修正しました。
  4. Mol2ファイルでの不具合修正
    5. Mol2ファイル中の特定元素に対する表示の不具合を修正しました。
  5. 通信プロトコルの見直し
    6. 外部Linuxサーバーへのジョブ関連のアクセスを行う際に通信遅延が起こる可能性が出ましたので、プロトコルを見直しました。
  6. 動作環境
    Windows (64bit): 10, 11
    macOS: 14, 15
    Linux CONFLEX: RedHat EL 8.6, 8.8, 8.10, 9.2, 9.4, Ubuntu 22.04

CONFLEX 9 新機能

crystal surface

CONFLEX Interface 9 新機能

  1. 大きな分子の表示を高速化しました
  2. 分子のボール＆スティックおよびワイヤーフレーム表示を高精細化しました
  3. 原子の形式電荷の変更が可能になりました(表示された原子上でマウスを右クリック)
  4. 結合多重度の変更が可能になりました(表示された結合上でマウスを右クリック)
  5. 動作環境
    赤字がRev.Cより対応
    Windows (64bit): 10, 11 (21H2以降）
    macOS: 12, 13(Apple Siliconは13のみ）
    Linux Interface: RedHat 8.4, Ubuntu 22.04
  1. CONFLEXの新機能に対応しました：
    • 比表面エネルギーの計算設定と結果表示
    • Distance Dependent Dielectric 計算の設定
  2. CONFLEX BSOファイルを読み込んだ際のサマリー表示を改良しました
  3. 多くの配座や結晶構造を含む、大きなサイズのファイルをバックグラウンドで読み込むようにしました
    最初の構造が表示されるまでの待ち時間が短くなります
  4. PDB, cifファイルの読み込みルーチンを改良しました
    これまで読み込めなかったファイルの読み込みエラーが減少しています
  5. 動作環境
    赤字がRev.Bより対応
    Windows (64bit) 10, 11 (21H2以降）
    macOS (x86_64) 10.15, 11, 12
    Linux RedHat EL 8.4
  1. 分子の一部の表示形態を変更できるようになりました
  2. 分割画面の各エリアの表示形態を個別に指定できるようになりました
  3. 原子の表示半径に任意の値を指定できるようになりました
  4. Windows 10に標準で組み込まれたOpenSSHに対応しました
  5. ワイヤーフレーム表示の際の線幅を指定できるようになりました
  6. 新アプリケーション「CONFLEX Spreadsheet」が追加されました：
    • 配座ファイルを読み込み、計算プロパティを表形式に自動入力
    • 結晶探索ファイルを読み込み、計算プロパティを表形式に自動入力
    • 複数のGaussian FChkファイルを読み込み、計算プロパティを表形式に自動入力
    • 複数のセルのコピー&ペースト
    • Microsoft Excel形式での保存
    • セル内の数値に対する、演算機能
  7. 動作環境
    赤字がCONFLEX 9 Rev.Aより対応
    Windows 10
    macOS 10.14, 10.15
    Linux CentOS: 7.6

CONFLEX 8 新機能

  1. 動的反応座標(Dynamic Reaction Coordinate, DRC)の導入
    • 基準振動モードを使用して初期速度ベクトルを算出し、動力学計算を行う計算方法です。
    • 複数分子の配置変換や、大きな分子の配座変換に適用できます。
  2. 構造最適化および配座探索時の外部プログラム(Gaussian 09,16)呼び出し機能
    • 同じマシンにGaussianがインストールされている場合、CONFLEXからGaussianを呼び出して構造最適化および配座探索計算を直接行うことができます。
    • 分子力場パラメーターの無い分子や、古典力場では扱えない電子状態での構造最適化・配座探索が可能です。
    • CONFLEXの探索アルゴリズムをそのまま用いながら、設定した電子状態計算レベルによる構造最適化を行い得られたエネルギー値で配座異性体を評価出来ます。
  3. 結晶構造最適化計算の共有メモリー型並列処理(OpenMP)による高効率化(Parallel CONFLEXのみ)
    • 結晶構造を最適化する際の分子間相互作用計算を、OpenMPによる並列処理で高速化しています。
    • OpenMP化コードの導入に伴い、結晶構造最適化におけるMPI並列機能は廃止します。
  4. 結晶構造探索計算のMPI/OpenMPハイブリッド計算の実現 (Parallel CONFLEXのみ)
    • 結晶構造探索時のMPI並列処理と、個々の結晶構造最適化計算でのOpenMP並列処理を、同時に行えるようになりました。
  5. 保存する配座を二面角で決定(CHECK=TORSION)する際の処理の高速化
  6. 計算に用いる元素質量の改訂
    • 以下の参考文献に掲載されている元素質量に変更しています。
      B. Pfeiffer, K. Venkataramaniah, U. Czok, C. Scheidenberger, "Atomic mass compilation 2012", Atomic Data and Nuclear Data Tables, 2014, 100, 403-535.
  7. 動作環境
    • 以下のOSに対応しています。(赤字がCONFLEX 8 Rev.Aより対応)
      Windows: 7, 8.1, 10
      Mac: macOS 10.11, 10.12 (10.13への対応についてはお問い合わせください)
      Linux: CentOS 6.6-6.9, 7.2-7.4 (他のLinuxへの対応についてはお問い合わせください)

CONFLEX Interface 8 新機能

  1. 画面を分割し、それぞれに別の配座や結晶構造を表示
  2. 複数配座の、指定した原子での重ね合わせ表示
  3. プロパティダイアログ内の表示がソート可能
  4. DRC計算結果の動画表示
  5. 大量の構造を含む結晶探索結果ファイルの読み込みの高速化
  6. GPUによる高速化
    ※OpenGL 3.3以上が必要です。
  1. 配座のフィッティングおよび重ね合わせ機能の追加
  2. PBS Pro に対応：サーバーへのジョブ投入時に利用可能
  3. GPU を利用した高速化（主に原子ラベル関連）
  4. スペクトル解析機能：Spectra Analyzer の機能強化
    • ズームレベルに応じて、スペクトル表示の解像度の最適化
    • 粉末X 線回折スペクトル表示への対応
    • 粉末X 線回折スペクトル表示への実験データの読み込み機能
    • 希望のピークに対するラベル付け機能
vibration
  1. グラフィック表示の強化
    • OpenGL SLへの対応による高速化
    • 振動モードのアニメーション表示
    • DRC計算結果のムービー表示
    • 結晶面をh, k, lで指定して表示
    • 分子のライン表示オプション
    • (Mac) Retinaディスプレイへの対応
  2. 新規ツールバーの搭載
    • XYZ座標軸表示の切り替え
    • 結晶のユニット・ボックス表示の切り替え
    • 結晶表示の大きさの設定
    • アニメーション表示の再生・停止・コマ送り戻し
    • アニメーション・スピード
    • 振動アニメーションの大きさの倍率
    • 分子面表示の透明度の設定
    • 分子面の大きさを規定する電子密度の設定
  3. 新規計算設定ダイアログ
    • Host - Ligandサーチ
    • DRC計算
    • 外部プログラム呼び出し設定
    • OpenMP/MPIパラレル計算設定
    • 簡易結晶群選択ページ
  4. PDBファイル読み込みの強化
    • アミノ酸・核酸を含むPDBファイルを読み込む際に標準構造から欠落している原子を認識＆補完
  5. 原子間距離・結合角・ねじれ角ラベル
    • 構造ラベルのWatchリスト機能
    • 結合していない原子間での原子間距離・結合角・ねじれ角ラベル
    • 結晶表示中の分子間ラベル表示
    • ラベルの複数表示
  6. プログラムの設定ファイルの保存場所を変更
    • セキュリティーの問題から、レジストリーやアプリケーション内部の変更をやめ、以下の場所に変更
      • Win: FOLDERID\_RoamingAppData/conflex.co.jp/CONFLEX.ini
      • Unix: $HOME/.config/conflex.co.jp/CONFLEX.ini
      • Mac: $HOME/.config/conflex.co.jp/CONFLEX.ini

CONFLEXの以前のバージョンについてはこちら