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2016年10月
6th blind test of organic crystal structure prediction methods

The Cambridge Crystallographic Data Centre 主催、第6回結晶構造探索コンテストに
CONFLEX開発チームが参加しました。日本の機関からは初の参加です。
ここで使われている結晶構造探索の機能は、すでにCONFLEX7に導入されています。
コンテストの結果は論文になっており、以下からご覧いただけます。
  Acta Cryst. (2016). B72, 439-459
  doi:10.1107/S2052520616007447
  http://dx.doi.org/10.1107/S2052520616007447

2014年6月
Parallel CONFLEXがFOCUSスパコンで利用可能になりました。

 ご希望のお客様は従量課金制度を利用して、Parallel CONFLEXをお使いいただけます。
 (FOCUSスパコンには既にParallel CONFLEXがインストール済みです。)
 また、FOCUSスパコンご利用者には、無償でGUIのInterfaceを配布しております。

 <FOCUSスパコンに関するお問い合わせ先>
  〒650−0047 神戸市中央区港島南町7-1-28 計算科学センタービル1階
  公益財団法人 計算科学振興財団
  運用課ご担当者
  Tel:078-599-5025  Fax:078-303-5611
  E-mail:unyo@j-focus.or.jp
  http://www.j-focus.or.jp/

  FOCUSスパコンとは?
  スーパーコンピュータ「京」の産業利用の促進を図り産業界のスパコン利用企業層を
  拡大するための技術高度化支援を中心に供用を行うほか、産学連携研究や実践的な
  企業技術者の育成を推進することを目的に整備された国内唯一の産業界専用の公的
  スーパーコンピュータです。
   

CONFLEX新機能

2009-2010年
  • マルチコアCPU搭載マシンにおけるマルチスレッド化
  • Half-Harmonic関数とMorse関数を使ったPseudo Force計算を導入
  • Imai-Karplus式によるNMRの結合次数計算法(3JHHM)を導入
  • 結晶計算の実体アンサンブルとなる単位格子を拡張するためのオプションを追加
2007-2008年
  • 溶媒効果を利用したLogP計算
  • 結晶構造計算の改良
  • 力場のねじれ角パラメーターの自動生成機能
  • ユーザーによる原子タイプの指定機能
2006-2007年
  • 溶媒効果を取り入れた配座探索
  • 結晶構造最適化
  • アミノ酸残基置換機能の追加
  • フロンティアモード追跡(FMF)法(配座変換遷移状態探索)
2005-2006年
  • 偽ポテンシャル構造固定法
  • ペプチド結合ねじれ角判定
  • 動的基準振動解析法
  • MMFF94s/GB/SA(溶媒効果)
2004-2005年
  • MMFF94/MMFF94s
  • PDBフォーマットRead/Write
  • 配座クラスタリング
  • UV/Vis/CDスペクトル計算

CONFLEX に含まれる力場の中で、 MMFF94 および MMFF94s では、分子に含まれるほとんどの原子上に、『結合電荷増分法』という手法を用いて電荷を置くようにしています。これらの電荷は、小さい分子での高精度 ab initio 分子軌道計算で求められた電荷分布を再現するようにパラメータが決められておりますが、計算の初期段階で電荷分布を決定した後は電荷の値を固定したまま最適化を行っています。

一方で MMFF/NQEq では、上記手法の代わりに『電荷平衡法(QEq 法)』という手法を用いて電荷および静電相互作用エネルギーを計算しております(QEq 法の概要は下記参照)。
QEq 法では、電荷分布が構造に依存するため構造変化するたびに電荷を計算し直さなければならないのですが、計算自体は簡便なため計算時間の増加は非常に少なく、かつパラメータは我々が独自に最適化したものを用いておりますので、高精度の静電相互作用計算を他の力場と同じくらいの計算時間で可能としております。ただし現バージョンの CONFLEX におきましては、この力場を用いた計算も可能ではございますが、他の相互作用を計算する際に用いるパラメータが MMFF で用いる値のままになっておりまして、最適なものにはなっておりません。現在必要なパラメータの最適化を行っている最中でありまして、決定したものから逐次導入しているところでございますので、ご使用の際はこの点をご理解ください。

電荷平衡法(QEq 法):
静電相互作用エネルギーを、原子が電子を引き込む力(1中心項)と電荷を帯びた原子間に働くクーロン力(2中心項)の和として表し、各原子の電気陰性度を平衡化させることで、電荷分布およびエネルギーを求める方法。1991年に Rappe と Goddard により提唱された。

   詳細はシーエムシー出版 機能材料11月号(2005)
  「溶媒効果を取り入れた新規電荷平衡法(NQEq)の開発と分子力場への応用」
    中山尚史、長嶋雲兵、後藤仁志
   をご覧下さい。

 

 

CONFLEX ニュース
The Chemical Daily
 
CONFLEX の歴史
1987: CONFLEXの開発開始
北海道大学 大澤研究室

 
1989: CornerFlapping機能追加
 
CONFLEX2 公開
 
1990: 16員環マクロライドの
立体配座解析

 
1992: 分子設計支援システム SPARTANに導入
CONFLEX3 公開
       
1993: エリスロマイシン誘導体の立体配座解析
 
1999: 分子設計支援システム
CACheに導入

 
2001: CONFLEXの並列化に成功
 
CONFLEX2000 発売開始
 
2002: 配座解析GUI BARISTA開発
 
2002: アメリカで販売開始
 
2004: CONFLEX.NET開発
 
CONFLEX5 発売
 
2005: CONFLEX ver.5.2発売
 
CONFLEX6 発売
 
2006: CONFLEX ver.6発売
 
2007: ヨーロッパで販売開始
 
2008: CONFLEX ver.6.2発売
 
注)SPARTANには現在CONFLEXは導入されておりません。また、CACheに導入されたCONFLEXは旧バージョン(version3)のものです。
 
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