Amber日本語チュートリアル

Amberのウェブサイトで公開されているチュートリアルの一部を翻訳し、お客様に提供しております。
以下に、その一部の例を示します。

DNA:polyA-polyT Decamer
10-mer DNAを作成し、気相中・仮想溶媒中・実溶媒中でのシミュレーションを行い、結果を解析します。
  1. 二重らせん DNA:polyA-polyTの設定
  2. 構造最適化と分子動力学計算(気相中)
  3. 構造最適化と分子動力学計算(仮想溶媒)
  4. 構造最適化と分子動力学計算(実溶媒中)
  5. 実例(A-DNA)
VMD:Visual Molecular Dynamics
分子動力学ファイルの可視化ソフト「VMD」の使い方を説明します。
Folding:Trp-Cage Peptide
直鎖ペプチドのフォールディングの様子を観察します
Antechamber:Sustivaシミュレーション General Amber FFの利用
タンパク質などではない一般的な有機分子のシミュレーションを、GAFF力場を用いて行います
緑色蛍光タンパク質 GFPシミュレーション
標準構造以外のアミノ酸残基を含むタンパク質のシミュレーションを行うため、そのアミノ酸残基のパラメーター作成および割り当てを行います。