製品&サービス CONFLEX 新機能

CONFLEX 7 新機能

CONFLEX 7 Rev.D 新機能

  1. 結晶表面解析機能の実装
    • 超球状結晶を設定したミラー指数で切断し、その切断面に最も近い分子、または切断面上にある分子が受ける分子間相互作用を計算します。
    • 昇華エネルギーや吸着エネルギーなど、結晶表面に関わるエネルギーの解析に役立ちます。
  2. 結晶構造探索計算の並列化性能の向上 (Parallel CONFLEXのみ)
    • 結晶構造探索で行っている結晶構造最適化計算を分散させることで、探索計算の並列化効率が飛躍的に上昇しました。
  3. 結晶エネルギーの定義の変更
    • 格子エネルギーや結晶構造探索の精度向上のため、結晶エネルギーの定義を変更しました。
  4. mol2ファイルへの対応 (直接計算実行が可能)
    • mol2ファイルを入力データとして構造最適化や配座探索を行い、mol2形式の出力ファイルを得ることが可能になりました。
  5. ねじれ相互作用の6次項までの拡張
    • 通常の分子力場では3次または4次まで考慮されるねじれ相互作用について、6次項までパラメーターを設定して計算を行うことが可能になりました。
  6. 配座探索中のE-Z配置の制限を外すキーワードの追加
    • 通常の配座探索では、探索中に二重結合周りのE-Z配置が反転した構造が得られた場合その構造を破棄しますが、これらを保存するためのキーワードを追加しました。
  7. 動作環境
    • 以下のOSに対応しています。(赤字がRev.Dより対応)
      Windows: 7, 8.1, 10
      Mac: OSX 10.9, 10.10, 10.11
      Linux: CentOS 6.5, 6.6, 6.7, 6.8 (その他のLinuxはご相談下さい)

CONFLEX 7 Rev.C 新機能

  1. CONFLEX
    • ホスト−リガンド配位探索機能の追加
      • 複数の分子を含む系について、ある一つの分子が他の分子(群)に対して どの位置にどのような向きで配位するのが安定かを探索します。
      • 二量体や錯体の安定構造の探索に利用出来ます。
    • Parallel CONFLEX for Windows
      • Windowsマシン上で、MPI並列計算を実行できるようになりました。
        複数のCPUコアを有するWindowsマシンでの配座探索や分子性結晶計算が、 より効率よく行えます。(Parallel CONFLEXのライセンスが必要です。)
  2. Interface
    • Windows上でのParallel CONFLEXの実行
    • CONFLEX簡易実行ダイアログで、Search Limitの設定が可能に
    • ローカルマシンでのGaussianジョブ実行に対応
    • Gaussianジョブの簡易実行機能
    • 簡易ジョブ実行内容の編集エディター
    • Gaussianによるスペクトル計算結果の存在確率に沿った重ね合わせ
    • Platform LSFのHostGroupの設定に対応
    • 数値入力による分子回転
    • 分子情報ダイアログに分子形状の情報を表示
  3. 動作環境
    • 以下のOSに対応しています。(赤字がRev.Cより対応)
      Windows: 7, 8.1 [32/64bit]
      Mac: OSX: 10.8, 10.9, 10.10
      Linux: CentOS 6.1-6.5, 6.6, 7.0、Ubuntu 12.04.3, 14.04

CONFLEX 7 Rev.B 新機能

  1. CONFLEX
    • ユーザー定義パラメーターの追加機能
      • CONFLEXに含まれている力場パラメーターに対応していない原子タイプを 含む分子について、パラメーターを追加して計算することができます。
      • 既存のパラメーターを修正して計算することも可能です。
      • MMFF94s力場のみの対応です。
    • 圧力を考慮した結晶構造最適化機能(三斜晶系、単斜晶系、斜方晶系のみ)
      • 結晶構造を最適化する際、外部から加わる圧力を指定して 最適化することができます。
      • 三斜晶系、単斜晶系、斜方晶系のみの対応です。
  2. Interface
    • 配座リスト(拡張子ls1のファイル)表示機能
    • 等電子密度面の作成&表示機能の拡張
    • ジョブスケジューラーPlatform LSFに対応
    • 計算スキームの簡易編集機能
    • 各種スペクトル表示機能
      (振動スペクトル、UV/Visスペクトル、UV/CDスペクトル、 プロトンNMRピーク形状)
  3. 動作環境
    • 以下のOSに対応しています。(赤字がRev.Bより対応)
      Windows: 7, 8.1 [32/64bit]
      Mac: OSX 10.6, 10.7, 10.8, 10.9
      Linux: CentOS 6.1-6.5, Ubuntu 12.04.3

CONFLEX 7 Rev.A 新機能

  1. 結晶構造探索
    • 分子構造データと空間群の対称性を入力することで、自動的に結晶構造を作成し、構造最適化を行ない、エネルギー極小に位置する結晶構造を網羅的に算出します。
    • 最適化した一連の結晶構造に対して、エネルギーの低い順に並べるだけでなく、あらかじめ用意した粉末回折データに近い順に並べることもできます。
  2. 粉末X線回折データの出力
    • 結晶構造の粉末回折データを算出し出力します。X線源の元素や波長を変えることも可能です。
  3. 新型CONFLEX Interface登場
    • CONFLEX Interfaceが一新し、Windows、Mac、Linuxに対応しました。
    • ネットワーク経由でのジョブの実行が可能になりました。例えば、Windows PCからLinuxサーバーへ計算を実行することが出来ます。 またLinuxサーバー上で得られた結果をそのままWindows PCで読み込むことが出来ます。(サーバーには、GridEngineのインストールが必要になります。)
    • 外部プログラムとの連携が可能です。例えば、Gaussianのネットワーク経由での計算実行が出来ます。(サーバーには、GridEngineのインストールが必要になります。)
    • 以下のファイルの読み込みが可能です。
      • MDLファイル:.mol .sdf
      • CONFLEX出力ファイル:.bso .sdf
      • Sybyl mol2 ファイル
      • PDBファイル
      • 結晶構造データファイル:.cif .cmf
      • Gaussianチェックポイントファイル:.fchk
      • GAMESSログファイル
      • Fireflyログファイル
      • ChemDrawからのカット&ペースト
  4. ChemOfficeシリーズに対応
    • ChemOfficeシリーズ v13にCONFLEXのインターフェイスが搭載されました。
      ChemBioOffice Ultra v13、ChemOffice Pro v13、ChemBio3D Ultra v13のいずれかをご購入いただくと、直接CONFLEXの計算実行が可能です。

CONFLEX 6 新機能

CONFLEX ver.6.8 新機能

  1. 32/64 bit版とマルチコアに対応
    • インストールするPC環境に合わせて32/64bit版を選択してインストールできるようになりました。
    • タンパク質など巨大な分子の最適化用に、マルチコア/マルチスレッドに対応しました。実行する際に利用するコア数を指定することができます。ただし、配座探索の分散処理には、Parallel CONFLEXをご利用ください。
  2. 分子オブジェクト分類法の導入
    • 複数分子で構成された複合体の計算において、分子単位(分子オブジェクト)で構造最適化や基準振動解析を行うことができるようになりました。
    • 指定した分子オブジェクトの配座空間探索を行うことができます。
  3. 分子力場・構造最適化関連の修正
    • 水素原子の位置だけを最適化することがで゛きるようになりました。分子オブジェクト分類法と組み合わせて使うことができます。
    • MMFF94sの力場パラメーターの一部を変更、および追加しました。
  4. 結晶計算関連
    • 剛体分子近似下での結晶構造最適化において、格子定数と分子の回転の他、分子の並進自由度も最適化パラメーターとして含めました。
    • 結晶構造最適化は、結晶環境下での分子構造最適化(分子構造・分子回転・分子並進の最適化)、剛体分子近似下での結晶構造最適化(格子定数・分子回転・分子並進の最適化)、 完全結晶構造最適化(分子構造・分子回転・分子並進・格子定数の最適化)の3種類としました。また、各最適化において、最適化パラメーターは全て同時に最適化されます。 なお、利用可能な最適化手法は最急降下法と共役勾配法です。
    • 結晶構造最適化における収束条件を、エネルギー勾配の平均二乗差が10^-4より小さく、かつ原子位置変位の平均二乗差が10^-5よりも小さいこと、としました。
    • 非対称単位に複数の分子が存在する場合、格子エネルギーは、非対称単位の分子における分子間相互作用エネルギーと、非対称単位の分子と対称操作により展開した分子との分子間相互作用エネルギーの和として定義しました。
  5. その他
    • 異なるMDL/MOL形式が連続するMDL/SD形式分子ファイルを入力し、構造最適化を一括して実行することができるようになりました。その際、出力ファイルをまとめることも、分割することも可能です。

CONFLEX ver.6.7 新機能

  1. 分子力場関連
    • OpenMPによるマルチスレッド化を部分的に行いました。マルチコアCPUを搭載したマシンにおいて、構造最適化などのパフォーマンスが向上しました。
    • 水素原子の位置だけを最適化するオプションを追加しました。従来から導入されていた水素原子自動追加機能と組み合わせると、結晶構造の利活用の際に便利です。
    • 荷電子数を古典的に扱うことが難しい元素を含む分子を力場計算で扱うため、指定原子の荷電子数を設定できるようにしました。
    • 静電相互作用エネルギーの計算法を他の力場で使われている手法に変更できます。
  2. 配座探索関連
    • 部分構造の配座探索を行うために、構造摂動法FLAP/FLIP/SROTの選択的指定が簡単にできるようにしました。
    • NMR-NOE情報などに基づいた原子間距離制限による構造最適化や配座探索を行うため、Half-Harmonic関数とMorse関数を使ったPseudo Force計算を導入しました。
  3. 立体配座解析機能
    • Imai-Karplus式によるNMRの結合定数計算法(3JHHM)を導入しました。
  4. 結晶計算関連
    • 結晶計算の実体アンサンブルとなる単位格子を拡張するためのオプションを追加しました。これを指定することで、拡張格子(スーパーセル)を実体アンサンブルとする結晶計算を容易に実行することができます。
    • CIF形式の分子構造入力ファイルを用いた場合、結合次数や原子電荷の指定をできるようにしました。
    • 原子のシリアル番号や原子番号で指定した原子に関わる結合長を任意の長さに設定できるようにしました。
    • 水素原子の結合長を指定した力場の標準結合長に一括して修正できるようにしました。

CONFLEX ver.6.20 新機能

  1. 溶媒効果関連
    • オクタノールの溶媒効果パラメーターを決定しました。これにより、オクタノールを溶媒として構造最適化を行うことが出来るようになりました。
    • LogP自動計算機能を追加しました。水とオクタノールの溶媒効果を自動的に求めて、算出します。
    • 溶媒接触可能表面積(SA)計算の、計算手法およびパラメーターを改良しました。
    • GB/SA計算に用いるvdW半径算出法を改良しました。
  2. 結晶計算の改良
    • 結晶計算の並列処理を全面的に改善しました。
    • 結晶エネルギー計算と結晶構造最適化を、並列分散処理を行なうように修正しました。
    • 全ての空間群で、分子間相互作用エネルギーの解析的微分が求められるようにしました。
    • 一部の空間群において、分子間相互作用エネルギーの解析的微分を正しく求められなかった問題を修正しました。
    • CMF形式の分子構造ファイルを入力として用いて孤立系の構造最適化を行った場合に、最適化構造と入力構造の全原子を対象とした重ね合わせを行なった後に種々の出力を行なっていましたが、 これを重原子のみの重ね合わせに変更しました。
    • vdW相互作用エネルギーと静電相互作用エネルギーを出力する際、オリジナル分子が存在するUnit Cell内のみの各エネルギーの合計を出力していました。 これを、結晶計算の対象となった全vdW相互作用と全静電相互作用エネルギーをそれぞれ出力するように変更しました。格子エネルギーはこれらのエネルギーの和として定義されます。
    • オリジナル分子に複数の分子が含まれる場合、出力される全原子数が正しくなかった点を修正しました。
  3. 簡易ホモロジーモデリング
    • PDB形式の分子構造ファイルで入力分子構造が与えられた時、簡易ホモロジーモデリングを行うことが出来るようになりました。
  4. 力場の改良
    • ねじれ角パラメーターの自動生成機能を追加しました。
    • ユーザーによる原子タイプの指定ができるようになりました。
    • MM2,EMM2,MM3のbond stretchに関連する交差項に、電気陰性度修正(Electronegativity correction)を適用するように修正しました。
    • MM3力場などにおいて、化学効果による伸縮や変角のパラメータ補正が正しく適用されていなかった問題を修正しました。
    • Fe,Znイオン錯体の計算を行う時に生じるエラーを修正しました。
    • 多数のMMFF94s用パラメーターを追加しました。
  5. 配座探索関連
    • 配座異性体が存在しない分子に対して、並列配座探索を行った場合に生じる問題を修正しました。

CONFLEX ver.6 新機能

  1. 溶媒効果を取り入れた構造最適化・振動解析計算(MMFF94s)
    • GB/SAモデルを用いた計算が、構造最適化・振動解析および配座解析まで適用範囲が広がりました(CONFLEX5では、初期構造あるいは孤立真空中の最適化構造に対する溶媒効果しか評価できませんでした)。 利用できる分子力場はMMFF94sです。
    • 気相中および溶媒中における構造最適化を自動的に行い、それぞれで得られたエネルギーから溶媒和による安定化エネルギーを求めることが出来ます。ただし、配座探索と同時に計算することは出来ません。
  2. 結晶構造最適化
    • CONFLEX独自のアルゴリズムに基づき、結晶構造計算を行うことが出来るようになりました。 X線結晶構造が既知である有機化合物に対して、配座異性体や分子配向の違いに由来する様々な結晶構造を最適化することが可能です。それにより、結晶多形のエネルギー評価を容易に検討することができます。 また、類縁化合物の結晶構造が知られていれば、未知の結晶構造についても、計算することが可能です。
  3. アミノ酸残基置換機能の追加:PDBファイルオプション
    • CONFLEXの入力ファイルとしてタンパク質構造データベース(Protein Data Bank: PDB)のファイル形式(.pdbファイル)を用いた場合に限り、 ユーザーが指定したアミノ酸残基を任意の必須アミノ酸残基に置換できるようになりました。この「アミノ酸残基置換機能」によって、構造既知のタンパク質の一次配列を変更することが可能になり、 ホモロジーモデリングと同様な操作が可能になりました。
    • PDBの登録データには、いくつかのアミノ酸残基の側鎖原子の座標情報が欠落していることがあります。このような不完全なPDB登録データを入力構造ファイルとしてCONFLEXを実行した場合に、 エラーメッセージを出力するようにしました。また、新たに追加された「アミノ酸残基置換機能」を用いて、欠落していたアミノ酸残基の側鎖原子座標を発生させ、正しい分子構造の計算が実行できるようになりました。
  4. 配座探索オプションの追加
    • 回転異性体が予想される結合のStepwise Rotationのステップ数を、指定できるようになりました。これによって、高分子材料や生体高分子の、限定的な配座探索も可能になりました。 ただし、この方法を用いると十分な配座探索が出来ないため、得られた配座異性体を解析する際には注意が必要です。
  5. MMFF94s用力場パラメーターの追加
    • 弊社で開発したMMFF94s用の力場パラメーターを追加しました。これによって、MMFF94s力場で計算できる分子種が増えました。
  6. フロンティアモード追跡(FMF)法 (配座変換遷移状態探索)
    • 配座変換の遷移状態を探索するため、独自に開発したフロンティア振動モード追跡法を導入しました。ただし、現時点では利用方法は限定されています。

CONFLEXの以前のバージョンについてはこちら

CONFLEX今後の開発予定
  1. 結晶多形構造の拡張探索
  2. タンパク質−リガンド複合体
    の誘起的ドッキングのための
    動的最適化法
  3. PDBタンパク質構造における
    欠陥残基の構造生成
  4. 自由エネルギーの低波数補正
  5. タンパク質活性サイト内の
    配座探索法
  6. 簡易ホモロジーモデリング
  7. 液滴モデルによるMD法
  8. 動的反応座標
    (簡易分子動力学)法
  9. タンパク質上のリガンド結合
    部位の探索
動作環境
OS:  Windows 7, 8.1,10
CentOS 6.5-6.8
(その他:応相談)
Mac OS X 10.9-10.11
プロセッサー:1.0GHz以上
ディスク:40GB
メモリ:256MB以上
参考資料
CONFLEX カタログ (PDF)
CONFLEX&Gaussian連携(PDF)
CONFLEX チュートリアル(PDF)
文献
コンピュータプログラム

  © 2000- CONFLEX Corporation. All Rights Reserved.