製品&サービス CONFLEX 新機能(旧Ver.)

CONFLEX ver.5.2 新機能ご紹介

溶媒効果
一般化ボルン法(GB/SA)による溶媒効果の計算が追加されました。

  • 通常の構造最適化を行った後、その構造に対してGB/SA法を使用した解析を行い溶媒効果を見積もることができるようになりました。
  • 使用できる溶媒は現在のところ、“水”と“オクタノール”です。

参考文献:

  1. "The GB/SA Continuum Model For Solvation. A Fast Analytical Method for the Calculation of Approximate Born Radii",
    D. Q. Peter, S. Shenkin, F. P. Hollinger, W. C. Still,
    J. Phys. Chem. A, 1997, 101, 3005-3014.
  2. "GB/SA-Based Continuum Solvation Model for Octanol",
    S. A. Best, K. M. Merz Jr., C. H. Reynolds,
    J. Phys. Chem.B, 1997, 101, 10479-10487.
  3. "GB/SA water model for the Merck molecular force field (MMFF)",
    A. Cheng, S. A. Best, K. M. Merz Jr., C. H. Reynolds,
    J. Mol. Graph. Mod., 2000, 18, 273-282.

力場オプション
構造最適化に使用する力場に、擬似的な力を付加できるようになりました。力場エネルギーを計算するポテンシャルに対して、ユーザーが力を付加させることが 可能になりました。 これにより、ある構造の一部を固定できます。適用できるのは、以下の項目です:

  • 2原子間の結合距離
  • 結合していない2原子間の距離
  • 3原子間の結合角
  • 4原子間の二面角
  • 4原子間の面外変角
  • 5員環の位相角

構造最適化オプション
構造最適化のオプションに "FAST" と "PRECISE" が追加されました。

  • "FAST" は大きな分子用に用意されたもので、手法はConjugate gradientを用い、収束条件が緩やかに設定されます。
  • "PRECISE" を指定すると、Steepest Descent -> Conjugate gradient ->Full-matrix Newton-Raphson それぞれの手法を用いて順番に最適化して行きます。

配座探索オプション
自動的に追加されるキラル中心の絶対配置(R/S)や二重結合の幾何異性体(E/Z)のチェック機能にユーザーが任意に指定した絶対配置と幾何異性体のチェックを加えることができるようになりました。 これにより、これまで配座探索の際に起こることのあった、番号付けに依存した擬キラルや偽幾何異性体への異性化を除外できるようになりました。

ペプチド結合(CO-NH)を結合回転リストから除外
タンパク質などペプチド鎖を含む分子の配座探索を行う際に、ペプチド結合(CO-NH)、Φψ結合(CONH-Ca-CONH)、および側鎖(ペプチド結合とΦψ結合以外の結合全て)を 選択的にStepwise Rotationによる結合回転リストから除外できるようになりました。特に、ペプチド結合のねじれ角は幾何異性体のチェックの対象になるため、初期構造のs-cis/transにのまま配座探索を行うことができます。 また、これらの機能を組み合わせることにより、ペプチド鎖の骨格のみや、残基側鎖のみの配座探索を行うことも可能になりました。

振動動力学解析機能
振動動力学解析機能が追加されました。単振動だけでなく、複数の振動モードを合成することにって、配座に依存した動力学解析が可能になり、反応やフォールディング経路に関する初期解析に利用することが出来ます。 また、-V.sdfファイルに各ステップでの立体構造とエネルギーが記録されます。BARISTA使うと動画表示だけでなく、各ステップの変位構造をMDL-MOLファイルとして保存することも容易です(※)。

  ※BARISTAも同様な振動動力学解析機能を装備していますが、エネルギーの変化を追跡する場合には、CONFLEXの振動動力学解析が必要です。

CONFLEX チュートリアル
CONFLEX チュートリアル(PDF)
参考資料
CONFLEX カタログ (PDF)
文献
学会発表
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