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CONFLEX DOCK 1 Rev.B 新機能
- タンパク質ーペプチド複合体の 3 次元構造生成 ペプチドの 3 次元構造を入力データとした場合、その構造を探索したポーズに重ねて生成した複合体構造を出力できるようになりました。これにより、出力データをそのまま分子計算の入力データとして使用できます。
- 動作環境
Windows (64bit): 11
macOS: 15, 26
Linux CONFLEX: RedHat EL 8.6, 8.8, 8.10, 9.2, 9.4, 9.6
Ubuntu 22.04, 24.04
(他のLinuxへの対応についてはお問い合わせください)
CONFLEX DOCK 1 Rev.A
- ペプチド配位・複合体予測 基質タンパク質に対して、指定したペプチド鎖がどこに配位し複合体を形成するかを予測。
- 構造の粗視化と四面体構築 タンパク質のアミノ酸残基を代表点（Cα原子）で粗視化し、ドロネー分割により四面体を構築。
- 表面探索点の生成 溶媒効果の算出に用いる表面積計算手法を適用し、タンパク質表面上に探索点を配置してドッキングポーズを算出。
- 4体ポテンシャルによる親和性評価 探索点にペプチド残基を配置し、実験構造データベースに基づく粗視化「4体ポテンシャル」をスコアとして親和性を算出。
- 高速・網羅的な探索 原子間相互作用ではなく粗視化ポテンシャルを用いることでスコア算出を簡略化し、巨大なタンパク質に対しても高速・網羅的に探索。
- 配列データのみからの予測 タンパク質の三次元構造とペプチドの配列情報のみで計算を実行（ペプチドの三次元構造データは不要）。
- 既知構造との差分比較 既知構造との差分比較：ペプチドの三次元構造が既知の場合は、その座標データを入力して探索点との差を算出し比較が可能。